Благодаря фундаментальному анализу инвестор получает ясную картину той внутренней жизни, которой живет изучаемая компания, отдельная индустрия или же рынок в целом. Однако на проведение тщательного анализа требуется очень много времени. Длительные анализы плохи тем, что их результаты относительно цены акций оказываются спорными. В таких случаях от аналитиков часто можно услышать, что рынок полностью неправ, что он ошибается. Действительно, на рынке постоянно присутствуют как недооцененные компании, так и переоцененные, но утверждение о неправоте всего рынка звучит, по меньшей мере, странно.

К недостаткам, которые присущи фундаментальному анализу, можно отнести то, что при его проведении необходимо каждый раз подстраиваться под отдельную изучаемую компанию. Методы этого анализа в зависимости от того, к какой отрасли принадлежит изучаемая компания и какие у нее есть уникальные факторы, могут быть различными, поэтому каждая из компаний или отраслей исследуются с применением разных подходов. По этой причине приходится адаптировать методы анализа к разным компаниям и отраслям, на что уходит много времени. Адаптация сокращает время на сам анализ, если он ограничен временными рамками.

Еще одна негативная сторона фундаментального анализа проявляется в субъективизме, в том, что проводящий его аналитик надеется на определенный исход. В основе справедливой цены акции лежат только предположения. Если в применяемых формулах или коэффициентах при расчетах возникают какие-либо изменения, конечный результат получается сильно сдвинутым. Аналитикам, проводящим фундаментальный анализ, хорошо известна эта погрешность, поэтому они делают анализ не в одном режиме, а в трех, ожидая либо плохого результата, либо хорошего, либо нейтрального. Однако, не смотря на то, что аналитики осознают данный феномен, они, тем не менее, продолжают вносить искажения. Например, при намеренном ожидании плохого результата анализ дает прогноз роста. Определить, какова доля погрешности, обусловленной субъективизмом, невозможно.

Большую часть исходных данных для проведения фундаментального анализа аналитик берет в самой компании. Во многих компаниях работают специалисты, называемые — IR менеджерами (Investor Relation Managers), которые занимаются публикацией новых данных и следят за действиями аналитиков. IR-менеджеры проявляют максимум рвения, когда наступает момент выпуска очередной громкой новости, которая в интересах компании должна быть обязательно благоприятной. Компании нанимают финансовых аналитиков, обрабатывающих новости, прежде чем их выпустить во внешний мир. Наемные финансисты-аналитики могут ошибаться, намеренно или ненамеренно, в оценках того, как повлияет выход новости на стоимость акций компании. Инвестор должен быть готов к этому и использовать для анализа исходные отчеты компании, не прошедшие обработку.

При достижении стоимостью акции невероятного максимального или минимального уровня на рынке обычно возникает стремление отрегулировать эту стоимость, то есть привести цену акции к справедливому уровню. При реальной стоимости акции выше, чем та, которую называет справедливой аналитик-фундаменталист, у него не остается выбора – он должен согласиться с той ценой, которую диктует рынок, и признать свою ошибку. Давно известно, что справедливая цена бумаги – это то, за сколько готовы ее купить. Исходя из таких несоответствий, у многих возникает сомнение в фундаментальном анализе, который показывает одно, а рынок демонстрирует другое.  

И все же, несмотря не все негативные моменты, фундаментальный анализ остается одним из наиболее популярных методов, при помощи которого исследуются ценные бумаги, и прогнозируется их будущее.